Явления с которыми имеет дело экология, как правило носят масштабный характер. Долговременное документирование (экомониторинг) и оценка таких явлений (дистанционное зондирование) как нельзя лучше проводить с использованием материалов полученных в результате аэрофотосъемки. Часто с уровня земли вообще невозможно правильно оценить размеры изучаемого явления или процесса. БПЛА успешно применяются для охраны лесного хозяйства, в том числе для мониторинга лесных пожаров и незаконных вырубок леса.
Применение ДПЛА в экологии не сводится только к фотографированию. На беспилотные летательные аппараты устанавливается аппаратура для дистанционного зондирования земли. Могут быть использованы приборы для взятия проб воздуха на высоте. Отбор проб и взятие образцов над опасными для человека территориями в зоне экологических бедствий и катастроф.
Еще одним преимуществом ДПЛА является их собственная экологическая безопасность для окружающей среды. В процессе применения БПЛА они не оказывают воздействия на изучаемый процесс или явление.